Stargate Atlantis: Saison 2
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Episode 1: Sous le Feu de l'Ennemi
La bataille pour Atlantis atteint son apogée. Le Dédale, le nouveau vaisseau terrien arrive pour soutenir la cité. Alors que le Dédale mène la bataille spatiale, Atlantis tente d'utiliser l'eppz apporté par le vaisseau pour activer le bouclier de la cité.
Lors du retour du Dédale, un problème technique étrange survient tuant une personne de l'équipage. Le Dédale doit alors mener une sérieuse enquête pour trouver le meurtrier.
Lors de l'exploration d'une planète, le major Lorne trouve un wraith mort dont l'enzyme a été prélevé. Sheppard et son équipe explore la planète à la recherche de Ford. Mais lors des recherches, un homme nommé Ronon Dex capture Teyla et Sheppard.
Lors d'une mission, un darth capture le Dr McKay et le lieutenant Cadman. Zelenka arrive à rematérialiser McKay mais une fois sur Atlantis, Mckay s'aperçoit que son corps abrite en plus de sa propre conscience celle de Cadman.
Sheppard et ses compagnons découvrent une planète où les criminels sont envoyés sur une île contenant la porte des étoiles. Cette coutume leur permet d'être épargné des Wraiths. Mais lors du retour, les prisonniers parviennent à abattre le jumper de l'équipe.
Episode 6: L'Expérience Interdite
Lors de la visite d'un monde, Teyla et Ronon aprennent que certains Satedans ont survécu à l'attaque des Wraiths. Pendant ce temps, McKay et Zelenka découvre un projet des Anciens nommé Arcturus qui consistait à créer une source d'énergie d'une puissance inégalée.
L'équipe d'Atlantis rencontre un peuple subissant les attaques régulières d'un Wraith. Ronon piste alors le Wraith mais ils découvrent dans une grotte un vieil homme élevant une femelle Wraith.
Sheppard ayant été blessé par Ellia subit d'étranges modifictions. Le retrovirus transforme peu à peu le lieutenant-colonnel Sheppard en une combinaison d'humain et d'insecte iratus.
Atlantis détecte la présence d'un vaisseau des Anciens. Le Dédale se rend sur place et téléporte Sheppard, Ronon, McKay et Teyla à bord. Ils découvrent que l'équipage s'est mis en stase et qu'il est relié à une sorte de monde virtuel.
Episode 10: L'Union fait la Force 1/2
Le lieutenant Ford capture l'équipe de Sheppard et décide de prouver au Dr Weir et Atlantis que l'enzyme des Wraiths est un moyen pour vaincre les Wraiths. Ford décide de détruire un vaisseau ruche avec l'aide de l'équipe qu'il oblige à prendre de l'enzyme.
Episode 11: L'Union fait la Force 2/2
Sheppard, Ronon et Teyla prisonniers des Wraiths sur le vaisseau ruche tentent de s'échapper. Pendant ce temps, le Dr McKay arrivent à se débarrasser des gardes qui l'empêchent de rejoindre Atlantis en s'injectant une grande quantité d'enzyme Wraith.
Sheppard et son équipe découvre un passage construit par les anciens. Sheppard traverse le portail mais ne peut faire le chemin inverse. McKay s'apperçoit qu'il s'agit un champ de dilatation temprel et doit le sauver rapidement avant qu'il ne meurt de vieillesse.
La Confrerie dirigée par les Goa'ulds sur Terre a réussi à poser une bombe sur Atlantis. Lorsqu'Atlantis composera l'adresse de la Terre sur le DHD, la bombe explosera. L'éxpédition doit alors trouver le membre infiltré sur Atlantis.
Episode 14: L'Ivresse des Profondeurs
Lors d'un test d'un jumper, le Dr McKay se retrouve coincé dans l'appareil après son crash dans l'océan. Alors qu'Atlantis essaie de le sauver, le Dr McKay tente de survivre avec l'aide de Sam Carter.
Alors que l'équipe de Sheppard explore une planète, elle découvre une réplique d'Atlantis dirigé par un roi. Mais le roi est mourrant et ayant détecter le gène des anciens chez Sheppard, ils le capturent pour assurer l'utilisation de leur fauteuil des anciens.
L'équipe d'Atlantis trouve deux caissons de survie en orbite d'une planète. Mais les consciences des personnes des caissons sont téléchargées temporairement dans le Dr Weir et Sheppard. Etant deux anciens ennemis, ils sont décidés à s'entretuer.
Des cadavres sont retrouvés avec les plaques d'identification des membres de l'équipe de Lorne. Atlantis doit alors résoudre ce mystère. En même temps, Ladon contacte Weir et propose d'offrir à Atlantis un eppz en échange d'armes pour renverser Cowen.
Episode 18: Traitement de Choc
Atlantis fait une expérience sur un Wraith. Ils utilisent un retrovirus pour transformer un wraith en humain. L'ancien wraith transformé, appelé Michael s'apperçoit vite qu'il est en réalité le cobaye d'une expérience. Il aspire alors à retrouvé sa véritable nature.
Les taraniens vivant dans une base crée par les anciens sont menacés par une éruption volcanique d'une puissance gigantesque. L'équipe d'Atlantis vient les aider à évacuer la planète avant que l'éruption ait lieu.
Atlantis s'allie à la ruche de Michael pour répandre le rétrovirus dans les ruches rivales. Mais les Wraiths trahissent les atlantes et Ronon et Mckay se retrouve coincés sur une des deux ruches qui se dirigent vers la Terre grâce aux informations volées à Atlantis.