Stargate Atlantis: Saison 5
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Alors que l'unité de Sheppard est pris au piége sous les décombres du complexe de Michael, Samantha Carter tente de sauver les survivants. Mais Atlantis doit les récuperer avant que le croiseur de Michael n'arrive.
Jennifer a été contaminé par un agent pathogène extra-terrestre conçu par Michael. Un réseau de lianes a poussé dans une partie de la cité depuis le corps du Dr Keller. Les tissus qui pompent une grande quantité d'énergie de la cité, s'étendent de plus en plus.
Episode 3: Une question d'honneur
Tyre ancien compagnon satédien réussit à capturer Ronon et le livre aux wraiths qui vont tenter de le changer en adorateur wraith en lui aspirant sa force vitale à de nombreuses reprises.
Un double du dédale arrive au dessus d'Atlantis. Mais lorsque l'équipe de Sheppard monte à bord, un pic d'énergie les fait disparaitre des capteurs d'Atlantis. McKay s'aperçoit que le Dédale les emmène dans différentes dimensions parallèles.
Episode 5: Les fantômes du passé
En revenant de mission, le jumper de l'équipe de Sheppard a des disfonctionnements anormaux et une fois rentrée, Atlantis connait elle aussi des perturbations. Mais l'expédition reste sidérée lorsqu'une entité présente dans les systèmes affirme être Weir.
McKay est contaminé par un parasite déployé dans son cerveau. Celui-ci perd alors peu à peu la mémoire et retourne à un état enfantin. Mais Ronon propose de l'emmener dans un sanctuaire afin que McKay redevienne lui même une dernière fois avant de mourir.
Episode 7: Les démons de la brume
L'équipe du major Teldi a trouvé un laboratoire de Michael. Sheppard et Beckett les rejoignent pour étudier les informations trouvées dans le complexe. Mais la mission se transforme vite en cauchemar lorsque les créatures créées par Michael se retrouvent en liberté.
Atlantis propose à Todd une thérapie génique mise au point par le Dr Keller, permettant aux Wraiths de ne plus se nourrir d'humains. Teyla prend alors la forme d'une reine Wraith pour convaincre la grande reine pour répandre cette génothérapie à plus grande échelle.
Une épidémie semblable à la grippe s'est propagée dans un village, le Dr Keller part leur apporter assistance aidée par McKay et Ronon. Les deux hommes doivent rapidement réagir pour venir en aide à Jennifer qui s'est faite kidnappée par un coureur du nom de Kiryk.
Après quelques recherches, le Dr Jackson et le Dr McKay trouvent le laboratoire secret de Janus. Mais peu de temps après un vaisseau inconnu apparait et traverse les boucliers de la cité. Ces nouveaux ennemis enlèvent Rodney et Daniel ainsi qu'un étrange dispositif.
La porte des étoiles d'Atlantis vient d'exploser détruisant toute la salle de contrôle. Le Dédale contrôlé par Todd vient demander à Atlantis de désactiver le dispositif Attero. Atlantis dévoile alors la position de l'appareil pour que Todd le détruise.
Des survivants d'une épidémie due à la drogue Hoffan se sont réfugiés dans un village. Les Wraiths rendent visite aux villageois et leur proposent de leur livrer les rescapés en échange de la survie du village. L'équipe de Sheppard tente alors de sauver les innocents.
L'équipe du Colonel Sheppard répond à l'invitation d'une nouvelle confédération pégasienne et se rend alors sur une planète. Mais une fois là bas, ils se font capturer et apprennent qu'ils vont être jugé pour tous les crimes que l'expédition Atlantis a commis.
Michael et ses hybrides se sont introduits sur Atlantis et en ont pris le contrôle. Les Atlantes doivent alors réussir à reprendre le contrôle de la cité avant que Michael ne la détruise avec le sytème d'auto-destruction et s'enfuie avec Torren, le fils Teyla.
Le Colonel Sheppard partit accompagner deux astrobiologistes sur le continent, est attaqué par des Geniis. Pendant ce temps sur Atlantis, Woosley reçoit Xiao venue pour faire son évaluation et Mckay et Zelenka découvrent un étrange module au fond de l'océan.
Episode 16: Rendez-vous glacial
Mckay invite Keller à une conférence de physique organisé par un de ses anciens rivales. Mais l'évènement tourne au drame lorsque l'innovation présentée à la conférence refroidit de plus en plus le bâtiment et créé des éclairs réfrigérants.
Episode 17: Entre la vie et la mort
L'unité de Sheppard montée à bord du vaisseau de Todd découvre que tous les Wraiths sont en hibernation et que Todd requiert leur aide. Après avoir subit la génotérapie, les Wraiths du vaisseau ne se nourrissent plus d'humains mais sont tombés malades.
Keller et une brigante nommée Neeva Casol ont échangée leur corps à cause d'un appareil des Anciens. Tandis que Neeva représente une menace pour la base d'Atlantis, le Dr Keller emprisonnée sur une planète est sur le point de se faire exécuter.
Aux alentours de Las Vegas, des meurtres en série étranges ont lieu. L'inspecteur Sheppard enquête sur des corps qui semblent s'être fait aspirés leur vie. Sheppard suit alors la trace du wraith qui est en liberté sur Terre.
Episode 20: L'empire contre-attaque
Todd s'est fait trahir par son second qui pilote dorénavant un vaisseau ruche alimenté par un EPPZ. Le Dédale part alors détruire le vaisseau mais la ruche se révèle trop puissante et McKay découvre que les Wraiths sont en route vers la Terre.